El Byakugan:
El Byakugan se caracteriza porque el que lo tiene, al usarlo aparecen venas alrededor de los ojos (además todo el clan se caracteriza por tener los ojos blancos), esta habilidad permite ver en un radio de 360 grados, excepto justo detrás de la primera vértebra, ahí su vista es nula. Los pertenecientes al Clan Hyuga lo mezclan con su taijutsu especial, esta mezcla es una gran combinación, ya que el Byakugan revela los puntos por donde corre el flujo de chakra de su enemigo (361 puntos, de ellos 64 principales), permitiendo al usuario saber donde se ubican y golpearlos con las palmas de las manos (o cualquier otra parte del cuerpo, pero ello conlleva una mayor dificultad) mediante un taijutsu llamado "Juuken" ('Golpe Apacible' o 'Golpe Suave', depende de la traducción), que al ser golpeado tus puntos vitales van flaqueando y mientras más eres golpeado, menos chakra puedes controlar y al final es casi imposible ejecutar ningún Jutsu (en español 'técnica'). En resumen obstruye los flujos de chakra del oponente para que no pueda manipular su chakra correctamente. debemos recordar que las personas que más han desarrollado este Kekkei Genkai (linea sucesoria) son Hiashi y Neji Hyuga capaces de controlar el Kaiten.
El Rinnegan:
El Rinnegan es, según Jiraiya, el dōjutsu más poderoso de los tres legendarios que existen. Por su propio nombre y lo mostrado en el manga, parece indicar que permite a una alma cambiar de cuerpo, aunque los pormenores de técnica quedan sin revelar. Esta técnica, que se creía legendaria, era posesión del Maestro de los 6 caminos, el creador del ninjutsu moderno. La técnica reapareció en Nagato, un chico de la Aldea Oculta de la Lluvia que quedó huérfano en una guerra de ésta con Konoha. Jiraiya decidió encargarse de cuidar de Nagato y sus compañeros Konan y Yahiko tras encontrase con ellos. Fue el responsable del entrenamiento de los mismos en las artes ninja más básicas, cosa que hizo tras descubrir que Nagato poseía esta técnica. Después de que Jiraiya decidiera terminar el entrenamiento cuando lo consideró oportuno, los tres jóvenes siguieron su propio camino. Gracias a su Rin'negan años más tarde Nagato posiblemente habita el cuerpo de Yahiko, y se hacía llamar Pein y para luego mas tarde para pelear con Jiraiya, se traslada a un cuerpo parecido al de Deidara, pero que más tarde se descubre por una cicatríz en la frente que éste es un ninja con el cual Jiraiya se había enfrentado anteriormente.